Ricerca e sviluppo: distinzione fra credito “non spettante” e “inesistente”

Nel complesso ambito dei crediti d’imposta per attività di ricerca e sviluppo, uno degli aspetti più delicati emerso in questi anni - ed oggetto di un aperto dibattito con l’Amministrazione Finanziaria - concerne la distinzione tra credito d’imposta “non spettante” e credito “inesistente”. Si tratta di una differenziazione che, seppur tecnica, comporta conseguenze di non poco conto per le aziende, in particolare con riferimento ai termini di accertamento ed al regime sanzionatorio applicabile.

Con l’atto di indirizzo, pubblicato il 1° luglio 2025, il Ministero dell’Economia ha individuato ulteriori criteri utili per distinguere, appunto, dette definizioni. La norma, infatti, è stata oggetto di una modifica ad opera del D.lgs. n. 87/2024 che ha riformulato il concetto di credito “inesistente” ed ha introdotto una nozione esplicita di crediti “non spettanti” collocando le nuove definizioni nell’articolo 1, lett. g-quater) e g-quinquies) del D.lgs. 74/2000.

Di recente, il Tar del Lazio, con sentenza del 29 luglio 2025, n. 15039, è intervenuto sui temi che hanno animato i numerosi contenziosi in materia di credito d’imposta ricerca e sviluppo del quinquennio 2015-2019, arrivando alla disapplicazione del Manuale di Frascati. Sentenza, questa, che apre a nuovi scenari pro-contribuente. Tali elementi, unitamente alle indicazioni dell’atto di indirizzo ed alle posizioni sempre più numerose della giurisprudenza permettono di ben sperare nella travagliata vicenda delle agevolazioni per ricerca e innovazione.

Definizioni di credito inesistente e non spettante

Con il DLgs. n. 87/2024 anche ai fini tributari valgono le definizioni previste dal legislatore penale.

In particolare, l’articolo 1, comma 1 del D.lgs. n. 74/2000 formula le seguenti definizioni.

In merito a dette definizioni, il Ministero, con l’atto di indirizzo di luglio 2025 fornisce ulteriori precisazioni. L'articolo 1, comma1, lett. g-quinques) del D.lgs. 74/2000, come sopra riportato, individua tre tipologie di crediti “non spettanti” accomunate dalla circostanza che l'attività oggetto dell'agevolazione è stata effettivamente svolta e che il relativo credito non può considerarsi tout court inesistente.

In merito alle fattispecie 1), in particolare, con l’espressione “modalità di utilizzo” ci si riferisce:

• alle tempistiche dell'utilizzo del credito (ad esempio, credito d’imposta fruito in un unico anno anziché con la prevista ripartizione in quote annuali);
• alla possibilità di compensazione in funzione del tipo di debito da estinguere (ad esempio, debiti previdenziali nel caso dell’art. 4-bis comma 1 del D.L. 39/2024);
• ai casi in cui il credito non è stato utilizzato in compensazione ma è stato oggetto di cessione;
• ai casi in cui il credito sia fruito oltre i limiti di compensazione previsti; trattasi del cd. “splafonamento” (si pensi al classico caso della violazione del limite dell’art. 34 della L. 388/2000 o dell’art. 1, comma 153, della L. n. 244/2007 per i crediti agevolativi).

La fattispecie 2), invece, è quella che ha sollevato maggiori criticità interpretative e applicative. Questa tipologia di non spettanza si verifica quando, ferma restando la sussistenza dei requisiti oggettivi e soggettivi, il credito d'imposta difetta di ulteriori elementi o qualità individuate da fonti tecniche di dettaglio non specificamente richiamate dalla norma dell'agevolazione.  

Riguardo i crediti “inesistenti”, invece - tenuto conto delle indicazioni della sentenza 34419/2023 della Cassazione - viene precisato che sono ricondotti in tale ambito i crediti che difettano dei presupposti “costitutivi” del credito, che possono attenere tanto al soggetto che fruisce dell'agevolazione quanto all'oggetto dell'agevolazione. Il credito d’imposta potrebbe, in altri termini, rivelarsi “inesistente”:

• perché è fruito da un soggetto diverso da quello individuato dalla norma istitutiva del credito; 
• per la mancata effettuazione dell'operazione a cui si ricollega la spettanza del credito;
• per il mancato adempimento di specifici obblighi di fare o non fare.

Nell’atto di indirizzo si precisa, inoltre, che i requisiti oggettivi e soggettivi del beneficio (in assenza dei quali il credito è “inesistente”) devono essere riportati in fonti del diritto primarie o secondarie (decreti ministeriali o regolamenti), se espressamente richiamate dalla disciplina istitutiva del credito.

Non rilevano, invece, “eventuali ulteriori fonti di dettaglio come ad esempio manuali tecnici, che non siano oggetto di esplicito richiamo nella norma istitutiva o nelle fonti secondarie che ne completano la disciplina ovvero per i quali il rinvio sia operato solo genericamente e non specificamente”.

Questa affermazione permette alle imprese che hanno usufruito del credito d’imposta previsto dall’articolo 3 del D.L. 145/2013 e dal D.M. 27 maggio 2015, di poter contare su un nuovo set di chiarimenti a supporto del proprio operato ed utili nella difesa avverso gli atti di recupero emessi dall’Agenzia delle Entrate.

Le fattispecie più ricorrente di contestazioni dell’Agenzia, infatti, fonda le sue motivazioni tecniche prevalentemente sulle indicazioni del Manuale di Frascati. L’esclusione dal novero dei crediti “inesistenti” di tutte le ipotesi di contestazioni fondate sull’assenza di “innovatività” dei progetti d ricerca e sviluppo (in base alle indicazioni nel Manuale di Frascati), e l’imputazione, come indicato dal Mef, tra le fattispecie di crediti “non spettanti”, di certo una novità capace di influenzare numerose procedure di accertamento.

Alla prima tipologia di crediti “inesistenti” per assenza o carenza di presupposti costitutivi del credito si aggiunge quella che ha ad oggetto crediti fraudolenti, cioè, crediti per i quali i requisiti oggettivi soggettivi non sono semplicemente mancati ma sono oggetto di rappresentazione fraudolente.  Questa fattispecie ricorre anche nei casi in cui il credito si è generato artificiosamente nel modello F24. Per il Ministero, quindi, anche il credito suscettibile di emergere dai controlli automatici può ritenersi “inesistente”.

Il termine per l’accertamento fiscale

In attuazione della legge delega n. 111/2023, è stata sistematizzata la disciplina del recupero dei crediti oggetto di indebita compensazione attraverso l'introduzione dell’articolo 38-bis nel D.P.R. n. 600/1973 in tema di accertamenti.

Infatti, nel documento del MEF viene precisato che l’Agenzia delle Entrate può emanare apposito atto di recupero da notificare, a pena di decadenza:

• entro il 31.12 del 5° anno successivo a quello del relativo utilizzo, nel caso di crediti non spettanti;
• ovvero, il 31.12 dell'8° anno successivo a quello del relativo utilizzo, in caso di crediti inesistenti. 

Si osserva che, per la notifica dell’atto di recupero, rileva il “relativo utilizzo” del credito non spettante o inesistente, mentre, in passato, si riteneva il termine ordinario fosse il 31 dicembre dell’ottavo anno successivo a quello di presentazione della dichiarazione.

La certificazione

Nell’atto di indirizzo vengono ricordate anche le disposizioni in materia certificazione. In particolare, al fine di “favorire la fruizione dei crediti d'imposta in condizioni di certezza operativa ed evitare controversie sulla qualificazione delle spese effettuate dall'impresa”, l'articolo 23, comma 2 del D.L. n. 73/2022, convertito, ha previsto la possibilità, per le imprese, di chiedere a soggetti qualificati, uno certificazione attestante la qualificazione degli investimenti, sia già effettuati sia ancora da effettuare, al precipuo scopo di farne riscontrare la compatibilità con l'ammissibilità al beneficio fiscale per tali impieghi di risorse. 

Nota Bene

La certificazione può essere chiesta, sempre che eventuali violazioni relative all'utilizzo dei crediti d'imposta non siano state già constatate con processo verbale di constatazione, a riscontro:

della qualificazione degli investimenti, ai fini della loro classificazione nell'ambito delle attività di ricerca e sviluppo, di innovazione tecnologica e di design e innovazione estetica;

della qualificazione delle attività di ricerca e sviluppo ai sensi dell'art. 3, D.L. 145/2013 convertito;

della qualificazione delle attività di innovazione tecnologica finalizzate al raggiungimento di obiettivi di innovazione digitale “4.0” e di transizione ecologica ai fini dell'applicazione della maggiorazione dell'aliquota del credito d'imposta.

Così, se l’azienda si dota di una certificazione, rilasciata dai soggetti qualificati ammessi a sottoscriverla, che attesti la qualificazione tecnica degli investimenti (effettuati o da effettuare) e che riguardi l'attività concretamente realizzata, un'eventuale atto impositivo o sanzionatorio che contesti la fruizione del credito sotto l'unico profilo della qualificazione dell'investimento potrà essere censurata sotto il profilo della sua nullità, con tutte le relative possibili conseguenze sul piano giuridico secondo i principi generali.

La certificazione può essere richiesta anche dopo la venuta effettuazione degli investimenti, poiché eventuali violazioni relative all'utilizzo dei crediti di imposta non abbiano già formato oggetto di un processo verbale di constatazione (cd. PVC).

Le indicazioni del Tar del Lazio

Dal Tar del Lazio arriva la disapplicazione del Manuale di Frascati per il credito d’imposta ricerca e sviluppo del quinquennio 2015-2019. Si ratta di una sentenza che, di per sé, dovrebbe permette margini di difesa più ampi alle imprese nell’ambito dei numerosi contenziosi che hanno interessato il beneficio fiscale.

Il caso oggetto di esame da parte dei giudici riguarda una società che ha impugnato il provvedimento con cui il MIMIT ha ritenuto che le attività svolte non fossero ammissibili al credito d’imposta R&S ex art. 3 del D.L. n. 145/2013. In particolare, il Ministero ha ritenuto che le certificazioni presentate ai sensi dell’articolo 23, comma 2 del D.L. n. 73/2022 non fossero idonee ad attestare tale qualificazione, rilevando l’assenza di tre dei cinque requisiti fondamentali previsti dal Manuale di Frascati e richiamati dalle linee guida del 2024, ossia la novità, la sistematicità e la riproducibilità dell’innovazione.

Il ricorso è stato affidato a 4 motivi, tra cui si rilevano i seguenti:

a) la violazione del principio di irretroattività e della gerarchia delle fonti normative, in quanto il provvedimento impugnato applica i criteri più restrittivi introdotti dal D.P.C.M. 15.09.2023 e dal D.M. 26.05.2020, che definiscono nuove modalità di qualificazione e certificazione delle attività di ricerca e sviluppo, invece dei criteri previsti dall’art. 3 del D.L. 145/2013 e dal DM 27.05.2015, in vigore per i periodi di imposta 2017-2019 oggetto di certificazione;

b) l’illegittima applicazione retroattiva dei criteri interpretativi sopravvenuti, ripresi dal Manuale di Frascati e recepiti nelle nuove linee guida del 2024, non vigenti né conoscibili nel periodo 2017-2019.

I giudici nell’analizzare la questione forniscono, in primo luogo, una breve disamina del quadro normativo. In particolare, si ricorda che l’articolo 23 del DL. 73/2022 ha introdotto la possibilità alle imprese di richiedere una certificazione che attesti la qualificazione degli investimenti svolti o da svolgere, classificandoli nell’ambito delle attività di ricerca e sviluppo, innovazione tecnologica e design e ideazione estetica. La certificazione, in caso di esito positivo del controllo da parte del Ministero, esplica “effetti vincolanti” nei confronti dell’Amministrazione finanziaria, con riferimento alla riconducibilità del progetto alle attività di ricerca e sviluppo, innovazione tecnologica o design e ideazione estetica. Tale facoltà è stata estesa anche a coloro che hanno già effettuato investimenti in attività classificabili e ammissibili al credito d’imposta per ricerca e sviluppo ex D.L. n.145/2013.

Ciò premesso, la controversia ha come focus l’applicabilità dei criteri del Manuale di Frascati quali parametri di riferimento per la qualificazione delle attività di ricerca e sviluppo. In particolare, si discute se tali criteri possano essere applicati “retroattivamente” ai periodi d’imposta precedenti all’entrata in vigore delle disposizioni normative e interpretative che ne hanno sancito l’adozione ufficiale, ossia antecedentemente alla L.160/2019 e ai successivi chiarimenti dell’Amministrazione.

Sul punto, il Tar afferma che la spettanza del credito di imposta deve essere valutata esclusivamente alla luce del quadro normativo vigente nel periodo d’imposta di riferimento. A conferma di tale impostazione, anche la prassi consolidata fino al 2019 non ha mai contemplato il ricorso ai criteri del Manuale di Frascati. Dopo l’introduzione della misura, l’Agenzia delle entrate, con la circolare n. 5/E/2016, ha fornito i primi chiarimenti interpretativi, rinviando alla circolare del MI.S.E. n. 46586 del 2009, la quale individuava nel Manuale di Oslo lo strumento concettuale di riferimento per la qualificazione delle attività agevolabili.

Questi documenti interpretativi sottolineavano come la finalità dell’agevolazione fosse:

• quella di sostenere l’impegno dell’impresa nel migliorare processi e prodotti, incrementando la competitività del sistema economico,
• non quella di contribuire all’incremento dello stock di conoscenze scientifiche o tecniche a livello sistemico, requisito invece previsto dal Manuale di Frascati.

Il fatto, poi, che l’Amministrazione abbia mutato orientamento, per i giudici “è un elemento che non può essere valorizzato in suo favore”; al contrario, lo stesso revirement suffraga la tesi esattamente opposta, ovvero l’originaria non applicabilità dei criteri del Manuale di Frascati. 

È solo a partire dal 2018, infatti, che il Ministero dello sviluppo economico e, successivamente, l’Agenzia delle entrate hanno adottato un’interpretazione innovativa, individuando nei cinque criteri delineati dal Manuale di Frascati il paradigma di riferimento per qualificare le attività di ricerca e sviluppo (novità, creatività, incertezza, sistematicità e trasferibilità/riproducibilità).

Tale impostazione interpretativa è stata formalmente recepita solo con la Legge di Bilancio 2020, che ha operato un richiamo espresso al Manuale di Frascati. Tale applicazione è stata, poi, confermata con il decreto attuativo del 26 maggio 2020 e nelle Linee guida approvate con decreto direttoriale del 4 luglio 2024. Pertanto, solo dal 2020, il legislatore ha adottato una qualificazione più restrittiva delle attività agevolabili, vincolandone l’ammissibilità al rispetto dei 5 criteri individuati dal Manuale di Frascati. 

Per i giudici, dunque, “non può essere condivisa la tesi ripetutamente ribadita dall’amministrazione, secondo cui il Manuale di Frascati, in quanto fonte meramente interpretativa della normativa interna, potrebbe trovare applicazione retroattiva ai periodi d’imposta precedenti al suo effettivo recepimento normativo”.

 In particolare, per il TAR:

• una prassi interpretativa non può sostituire o modificare retroattivamente la norma del D.L. n. 145/2013, che già definiva il perimetro delle attività di ricerca e sviluppo ammissibili; “perimetro che non può poi essere artificiosamente ridotto in via meramente interpretativa, introducendo ex post presupposti ulteriori e più restrittivi rispetto a quelli già fissati dal legislatore, che ha invece disciplinato in modo esaustivo la materia fin dall’origine”.
• Il recepimento del Manuale di Frascati con la L. 160/2019 conferma che, fino a quel momento, i criteri ivi contenuti non avevano trovato ingresso nel nostro ordinamento. Se, infatti, il Manuale fosse stato già applicabile non si spiegherebbe la necessità di un formale intervento per introdurlo dal periodo d’imposta 2020.  Ne discende, pertanto, una efficacia ai soli periodi d’imposta successivi, con esclusione di ogni efficacia retroattiva.

È altresì significativo osservare – continuano i giudici - che neppure la prassi della Commissione europea adotta, ai fini della valutazione degli aiuti di Stato in materia di ricerca e sviluppo, l’edizione del 2015 di tale documento. Al contrario, la comunicazione della Commissione del 27 giugno 2014, fa riferimento all’edizione del Manuale del 2002 che recepisce una nozione di attività di ricerca e sviluppo significativamente più ampia e flessibile rispetto a quella delineata nella versione del 2015.

L’applicazione retroattiva dei criteri previsti dal Manuale di Frascati – secondo i giudici - non trovar fondamento neppure nell’art. 3, comma 5, del D.P.C.M. 15 settembre 2023 né nelle relative Linee guida di attuazione. Tale disposizione, di rango meramente regolamentare, non può infatti costituire la base normativa per un’estensione retroattiva dell’applicazione del Manuale.

Alla luce di quanto esposto, il TAR “impone .. la disapplicazione di detta disposizione regolamentare, ancorché non impugnata, nella parte in cui estende retroattivamente l’applicazione dei criteri del Manuale al credito d’imposta previsto dall’art. 3 del D.L. 145/2013”.

Venendo al caso di specie, l’Amministrazione ha fondato la propria valutazione esclusivamente sull’applicazione dei criteri previsti dal Manuale di Frascati, così come recepiti nelle Linee guida del 2024. Tale provvedimento richiama e ribadisce l’obbligo per il certificatore di conformarsi ai 5 criteri individuati dal Manuale (novità, creatività, incertezza, sistematicità, trasferibilità/riproducibilità). Su queste premesse, il Ministero ha motivato il disconoscimento del beneficio per il caso di specie.

Secondo l’Amministrazione, la società avrebbe omesso di fornire una descrizione adeguata dello stato dell’arte e un confronto articolato con le soluzioni tecnologiche già disponibili, come richiesto dalle Linee guida e, a monte, dallo stesso Manuale di Frascati.

Ritiene, quindi, che le attività di ricerca svolte siano autoriferite e non idonee a produrre risultati nuovi e rilevanti a livello generale. La valutazione del Ministero si è, perciò, basata solo sull’applicazione dei criteri del Manuale di Frascati. Per i giudici, tale scelta difensiva non è condivisibile. In particolare, per il TAR è illegittima applicazione retroattiva dei criteri previsti dal Manuale di Frascati e del D.M. 26 maggio 2020. 

L’accoglimento del ricorso ha, dunque, comportato l’annullamento del provvedimento impugnato (con il quale il MIMIT aveva disconosciuto la validità di una certificazione), previa disapplicazione dell’articolo 3, comma 5, del D.P.C.M. 15.09.2023 e delle relative linee guida di attuazione approvate con il D.M. 4.07.2024, nella parte in cui estendono l’applicazione dei criteri del Manuale di Frascati al credito d’imposta di cui all’art. 3 del D.L.145/2013.

L’Amministrazione - evidenziano i giudici - “dovrà, pertanto, rideterminarsi, conformandosi al corretto quadro normativo e interpretativo delineato in motivazione”.