Come integrare il CUP nelle e-fatture per gli acquisti incentivati: chiarimenti Entrate

Arriva un intervento atteso da professionisti, imprese e pubbliche amministrazioni impegnati nella gestione delle fatture elettroniche collegate a incentivi pubblici, grazie al provvedimento n. 563301 dell’Agenzia delle Entrate del 10 dicembre 2025.

La finalità del documento è quella di eliminare le difficoltà operative emerse dall’obbligo, introdotto dal 1° giugno 2023, di indicare il Codice Unico di Progetto (CUP) nelle fatture relative a beni e servizi finanziati tramite contributi, agevolazioni o sovvenzioni pubbliche.

Nonostante la previsione normativa, nella pratica quotidiana l’inserimento del CUP si è rivelato complesso: molte fatture sono state emesse senza riportare il codice o indicandolo in modo non corretto, generando problematiche nella contabilizzazione, nella rendicontazione e nei controlli sugli incentivi. Per rispondere a queste criticità, il provvedimento 563301/2025 introduce un nuovo strumento digitale che consente al cessionario o committente – e ai suoi intermediari delegati – di integrare o correggere il CUP anche dopo la trasmissione della fattura al Sistema di Interscambio (SdI).

Obbligo del CUP

L’obbligo di indicare il Codice Unico di Progetto (CUP) nelle fatture elettroniche nasce dall’articolo 5, comma 6, del Decreto legge n. 13 del 2023, che ha introdotto una misura di trasparenza e tracciabilità sulle spese finanziate con risorse pubbliche.

La norma prevede che tutte le fatture relative all’acquisizione di beni e servizi oggetto di incentivi alle attività produttive – erogati da pubbliche amministrazioni o da soggetti terzi che agiscono per loro conto – debbano contenere il CUP associato al progetto finanziato.

Il CUP, istituito dalla Legge 16 gennaio 2003 n. 3, rappresenta un identificativo univoco che accompagna l’intero ciclo di vita di un investimento pubblico. Il suo corretto inserimento nei documenti fiscali ha un ruolo fondamentale per assicurare:

• la corretta tracciabilità delle spese finanziate;
• la coerenza delle rendicontazioni verso gli enti erogatori;
• la verificabilità degli incentivi da parte delle amministrazioni competenti;
• il rispetto dei vincoli previsti dai diversi strumenti di finanziamento, inclusi quelli del PNRR e dei fondi comunitari.

Nonostante l’obbligo fosse chiaro, l’applicazione pratica ha evidenziato diverse criticità: il CUP non era sempre disponibile al momento dell’emissione della fattura, oppure veniva riportato con errori formali o sostanziali. In assenza di un meccanismo ufficiale di correzione, ciò comportava difficoltà nei processi contabili e amministrativi, oltre a possibili contestazioni nelle fasi di controllo.

È proprio in questo scenario che si inserisce il provvedimento n. 563301 del 10 dicembre 2025, il quale fornisce finalmente una soluzione strutturata per gestire correttamente il CUP anche a posteriori, tramite un nuovo servizio digitale messo a disposizione dall’Agenzia delle Entrate.

Come integrare il CUP nelle fatture elettroniche

Il punto centrale del provvedimento n. 563301 del 10 dicembre 2025 è l’introduzione di uno strumento digitale dedicato che consente al cessionario o committente di integrare o correggere il Codice Unico di Progetto (CUP) all’interno delle fatture elettroniche relative ad acquisti finanziati con incentivi pubblici. Si tratta di una svolta operativa importante, poiché fino ad oggi la fattura doveva essere riemessa o rettificata dal fornitore, con inevitabili complicazioni amministrative.

Un servizio web nella piattaforma “Fatture e Corrispettivi”

L’Agenzia delle Entrate ha messo a disposizione una nuova funzionalità accessibile dall’area riservata del portale “Fatture e Corrispettivi”.

Attraverso questo servizio, il cessionario/committente – oppure un intermediario delegato – può:

1. selezionare la fattura elettronica ricevuta tramite SdI;
2. verificare se il CUP è già presente:
   • perché riportato dal fornitore, oppure
   • perché già integrato tramite lo stesso servizio;
3. inserire un CUP mancante se non indicato dal fornitore;
4. modificare un CUP errato, correggendo l'informazione riportata in fase di emissione;
5. confermare l’operazione, rendendo l’integrazione parte della documentazione disponibile per controlli, consultazioni e processi amministrativi.

NOTA BENE: La fattura non viene sostituita né riemessa. L’Agenzia associa digitalmente l’integrazione al file XML originario, creando un collegamento ufficiale e opponibile in caso di verifiche.

Chi può utilizzare il servizio

L’accesso alla funzionalità è consentito:

• al cessionario/committente, che è il soggetto interessato a dimostrare la corretta imputazione della spesa incentivata;
• agli intermediari abilitati, purché in possesso della delega alla “Consultazione e acquisizione delle fatture elettroniche o dei loro duplicati informatici”.

Ciò rende lo strumento utilizzabile anche dagli studi professionali o dai consulenti che gestiscono per conto dei clienti gli adempimenti fiscali e amministrativi.

Quali fatture possono essere integrate

L’integrazione del CUP può essere effettuata solo per le fatture la cui data operazione è successiva al 31 maggio 2023, ossia da quando l’obbligo di indicazione del CUP è diventato operativo.

Sono ammesse:

• fatture elettroniche ricevute tramite SdI,
• riferite a beni o servizi oggetto di incentivi pubblici,
• indipendentemente dal fatto che il CUP fosse disponibile o meno al momento dell’emissione.

Vantaggi operativi della nuova procedura

La nuova modalità introdotta dall’Agenzia offre diversi benefici:

• semplifica il flusso amministrativo, evitando la necessità di chiedere al fornitore una riemissione della fattura;
• garantisce una corretta tracciabilità della spesa associata al progetto finanziato;
• riduce il rischio di irregolarità nelle rendicontazioni verso enti erogatori o nei controlli fiscali;
• assicura maggiore trasparenza nella gestione dei fondi pubblici e degli incentivi alle attività produttive.

La data di effettiva disponibilità del servizio sarà resa nota dall’Agenzia tramite un apposito avviso, ma il quadro operativo è già definito e consente agli operatori di prepararsi alle nuove modalità.

Benefici e impatti operativi del nuovo sistema di integrazione del CUP

L’introduzione del servizio web per integrare o correggere il Codice Unico di Progetto nelle fatture elettroniche rappresenta un cambiamento significativo nella gestione amministrativa degli incentivi pubblici. Il provvedimento n. 563301/2025 produce infatti effetti immediati e concreti su imprese, intermediari e pubbliche amministrazioni, migliorando in modo evidente il flusso informativo e la qualità dei dati trasmessi tramite il Sistema di Interscambio.

1. Semplificazione dei processi amministrativi

La possibilità di aggiungere o rettificare il CUP senza chiedere al fornitore la riemissione della fattura riduce tempi, errori e passaggi intermedi.

Per imprese e consulenti questo significa:

• meno comunicazioni da gestire con i fornitori;
• meno fatture da annullare e riemettere;
• processi contabili più lineari.

La fattura originale rimane valida e immutata, mentre l’informazione aggiuntiva viene associata in modo ufficiale dal sistema dell’Agenzia delle Entrate.

2. Maggiore certezza nei controlli e nelle rendicontazioni

La corretta indicazione del CUP è un elemento essenziale nelle verifiche relative:

• all’ammissibilità della spesa;
• alla corretta imputazione al progetto finanziato;
• alla coerenza con atti di concessione o assegnazione dell’incentivo.

L’integrazione post-emissione rafforza la tracciabilità e agevola i controlli delle autorità competenti, incluse quelle coinvolte nella gestione dei fondi PNRR, europei e nazionali.

3. Riduzione del rischio di irregolarità

Grazie al nuovo sistema:

• si riducono gli errori dovuti all’assenza o inesattezza del CUP;
• vengono meno molte cause di non conformità nelle verifiche documentali;
• si evita che una spesa incentivata risulti “non riconoscibile” per semplice errore formale.

Questo contribuisce a una maggiore sicurezza operativa per imprese e professionisti, che possono dimostrare in modo inequivocabile la correlazione tra fattura e progetto incentivato.

4. Supporto agli intermediari e ottimizzazione dei flussi

Gli intermediari delegati possono accedere direttamente al servizio, offrendo ai propri clienti un presidio completo dell’intero processo.
Il nuovo sistema:

• integra il flusso delle fatture all’interno di una piattaforma unica;
• rende più efficiente l'acquisizione e organizzazione dei dati;
• riduce il lavoro manuale di controllo e riconciliazione.

5. Benefici per le Pubbliche Amministrazioni

Per gli enti erogatori e le PA, la disponibilità di fatture rese conformi anche successivamente all’emissione:

• migliora la qualità delle informazioni sui progetti finanziati;
• agevola il monitoraggio della spesa pubblica;
• permette verifiche più rapide e digitalizzate;
• contribuisce a una maggiore trasparenza nell’uso dei fondi pubblici.

6. Un passo verso la piena digitalizzazione dei processi fiscali

Il provvedimento segue la linea evolutiva delle politiche fiscali italiane: spostare sempre più attività sul piano digitale, ridurre oneri e duplicazioni di documenti, centralizzare le informazioni nei sistemi dell’Agenzia delle Entrate.

La nuova possibilità di integrare dati rilevanti ex post rappresenta un’evoluzione della fattura elettronica, trasformandola in un documento che può essere arricchito in modo controllato e certificato anche dopo l'emissione.